1991 m. Lietuvos pajūryje įsteigtas Klaipėdos universitetas (KU) yra vienas jauniausių universitetų šalyje, tačiau tai – daugiau privalumas, skatinantis demokratinę aplinką, kaitą bei leidžiantis išvengti konservatyvumo ir sustabarėjimo. Universitetą įkūrus, jame beveik išsyk pradėtos istorijos studijos. Jau du dešimtmečius Universiteto istorikai ir archeologai prisideda prie Klaipėdos universiteto kaip alternatyvos Vilniui vaidmens stiprinimo Vakarų Lietuvos regione ir sėkmingai reiškia savąjį kultūrinį ir mokslinį potencialą Baltijos jūros regione.

1992 m. Klaipėdos universitete daugiausia istoriko Alvydo Nikžentaičio pastangomis buvo įkurtas Vakarų Lietuvos ir Prūsijos istorijos centras (VLPIC), 1993 m. – Istorijos katedra. Nuo pat šių KU padalinių įsteigimo abu jie glaudžiai bendradarbiavo tarpusavyje ir dirbo po vienu stogu, tačiau specializavosi skirtingose veiklose: VLPIC – moksliniuose tyrimuose, Istorijos katedra – studijų proceso organizavime. VLPIC, kuris 2003 m. buvo reorganizuotas į Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutą (BRIAI), ir Istorijos katedros bendrą darbą kaip pozityvų mokslo ir studijų suderinamumo pavyzdį pažymėjo visi be išimties abiejų institucijų veiklą vertinę Lietuvos ir tarptautiniai ekspertai. Siekiant formalizuoti abiejų KU padalinių bendradarbiavimą, nuo 2016 m. sausio 1 d. Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutas perėmė Klaipėdos universitete istorijos studijų kuravimą.
Mokslo ir studijų dermė, puoselėjama Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institute, Klaipėdos universiteto istorijos ir archeologijos studentams sudaro retą galimybę studijuoti išskirtinėje akademinėje aplinkoje, gauti geriausių savo sričių specialistų konsultacijas. Visi BRIAI darbuotojai aktyviai dalyvauja studijų procese, vadovauja studentų moksliniams darbams. 

Istorijos mokslo ir studijų centras Klaipėdoje buvo įsteigtas užpildant regioninės istorijos nišą, atsiradusią dėl Vilniuje ir Kaune dirbusių istorikų koncentravimosi į Lietuvos istorijos bendrąja prasme tyrimus. Du skirtingi, bet tuo pačiu unikalūs regionai – Prūsija ir Žemaitija – nuo pat pradžių tapo KU dirbančių istorikų mokslinio domėjimosi objektu. Tai visiškai suprantama turint omeny, kad Klaipėda įsikūrusi aktyvios komunikacijos paženklintame buvusiame dviejų regionų ir dviejų valstybių pasienyje. Regionų, kurie rūpi Klaipėdos universiteto istorikams ir archeologams, aprėptis vėliau platėjo. Tai atsiliepė ir studijų programų turiniui, kai 1997 m. startavo magistrantūros studijų programa Baltijos šalių istorija.
Į regioninės istorijos tyrimus jau daugiau kaip dvidešimt metų kreipiami ir KU istorijos ir archeologijos studentai.

Kai būrys archeologų papildė Klaipėdos universitete iki tol dirbusią kelių archeologų komandą, vadovaujamą prof. Vlado Žulkaus, po 2003 m. Klaipėdos universiteto mokslininkai Lietuvos mokslo kontekste užėmė iki tol mažai dėmesio sulaukusias nišas, daugiausia dėmesio archeologijos tyrimuose kreipdami į Lietuvoje menkai išvystytas priešistorės tyrimų, Baltijos jūros regiono istorinių laikų archeologijos, povandeninės archeologijos ir kraštovaizdžio archeologijos tyrimų sritis.
Archeologijos ir istorijos studijos bakalauro lygmeniu Klaipėdos universitete plėtojamos nuo 2006 m. Bandant suderinti šias dvi studijų kryptis, gimė Archeologijos ir istorijos bakalauro studijų programa. Nuo 2010 m. taip pat vykdoma Kraštovaizdžio archeologijos magistrantūros studijų programa. Klaipėdos universitete kuriant integruoto mokslo, studijų ir verslo slėnį, archeologijos tyrimų reikmėms buvo įsigyta unikali Baltijos šalyse įranga, leidžianti greičiau ir tiksliau gauti ir apdoroti archeologijos tyrimams reikalingus duomenis.

Iškart po istorijos studijų centro įsteigimo Klaipėdos universitete buvo užmegzti glaudūs ryšiai su kolegomis Vokietijoje, leidę Klaipėdoje sukurti gerą šaltinių ir literatūros bazę ir išplaukti čia dirbantiems mokslininkams į tarptautinius vandenis. Užsimezgė nuolatiniai kontaktai su mokslinių tyrimų institucijomis ir tyrinėtojais Švedijoje, Lenkijoje, Danijoje, Latvijoje, Rusijoje, Didžiojoje Britanijoje. Apie išsiplėtusius šios institucijos kontaktus liudijo prof. S. C. Rowello iš Cambridge’o universiteto atvykimas dirbti į Klaipėdą. Susiklostė iki šiol veikianti praktika, kai Klaipėdoje studijuojantiems istorikams dėsto ne tik vietiniai, bet ir nuolat kviečiami lektoriai iš kitų Lietuvos ir užsienio mokslo institucijų.
Visa tai jau pirmaisiais veiklos metais leido tuometinėje Istorijos katedroje sukurti aukštą, tarptautinį lygį atitinkančią, studentų parengimo kokybę. 1996 m. Norvegijos mokslo tarybos ekspertai, vertinę mokslo būklę visoje Lietuvoje, padarė išvadą, jog jungtinė VLPIC ir Istorijos katedros struktūra, sukurta Klaipėdos universitete, „yra šiuolaikiška, orientuota į tarptautinius ryšius, o jos mokslininkai vykdo ir skelbia tarptautinio lygio mokslinius tyrimus“. Ši situacija iš esmės nepakito ir vėliau: apie tai liudija 2015 m. Mokslo ir studijų stebėsenos ir analizės centro (MOSTA) Lietuvoje vykdytos tarptautinės mokslinės veiklos ekspertizės duomenys. Pagal juos BRIAI veikla buvo įvertinta 4 iš galimų 5 taškų – maksimaliu taškų kiekiu, Lietuvoje šio vertinimo metu suteiktu humanitarinius mokslus plėtojantiems vertinamiesiems vienetams.
Klaipėdoje sukurtos istorijos studijų struktūros pasiekimus liudijo ir nuolatinė jos plėtra: 1997 m. buvo pradėta rengti magistrantus, 2003 m. gauta doktorantūros studijų teisė. Iki šiol yra apginta daugiau kaip keturios dešimtys daktaro disertacijų, parengtų dalyvaujant KU istorijos doktorantūros institucijoje. Kelios jų įvertintos aukštais Lietuvos ir užsienio šalių apdovanojimais.

Studijuojant istoriją, yra svarbu ne tik išmokti skaityti ir interpretuoti praeitį. Tinkamam istoriko ar archeologo pasirengimui reikalingas užsienio kalbų mokėjimas, nes tik jis įgalina pajausti tarptautinę studijų ir mokslo aplinką. Todėl užsienio kalbų mokymasis sudaro svarbią istorijos studijų dalį. Pagal ERASMUS programą suteikiama galimybė gerus studijų rezultatus demonstruojantiems istorijos programos studentams išvykti vienam semestrui studijuoti užsienio universitetuose.
Šiuo metu siūlomas pasirinkimo spektras apima aukšto lygio Didžiosios Britanijos, Vokietijos, Vengrijos, Lenkijos, Turkijos aukštąsias mokyklas. Papildoma sąlyga – privalomas užsienio kalbos mokėjimas.

Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutas sudaro visas nuo jo priklausančias sąlygas studijuoti savo kuruojamas programas kokybiškai. Instituto studentai naudojasi turtinga ir nuolat pildoma BRIAI biblioteka, kurioje jiems talkina bibliotekininkė Aušrinė Urbonavičienė. Šiuo metu bibliotekoje sukaupta daugiau kaip 30 tūkst. egz. specializuotos literatūros istorijos ir archeologijos tematika įvairiomis kalbomis, veikia kompiuterizuota skaitykla.
Studijų kasdienybę paįvairina pažintinės ekskursijos, praktikos. Gabiausi ir žingeidžiausi studentai įtraukiami į mokslinių tyrimų projektus, turi galimybę dalyvauti užsakomuosiuose archeologijos ir istorijos tyrimuose.
Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutas yra vienas kelių Klaipėdos universiteto padalinių, dar 2003 m. gavusių teisę kuruoti doktorantūros studijas. Šios studijos teikia galimybę įgyti aukščiausią kvalifikaciją, tampant istorijos krypties mokslininkais. 2003–2010 m. studentai buvo priimami į bendrą Klaipėdos universiteto ir Lietuvos istorijos instituto humanitarinių mokslų srities istorijos krypties doktorantūrą.
2011 m. doktorantūros teisė istorijos kryptyje Klaipėdos universitetui buvo pratęsta kartu su Vytauto Didžiojo universitetu. 2021 m. gegužės 1 d. duomenimis, Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutui priskirta 12 doktorantų.