1992–2005 m. – doc. habil. dr. Alvydas Nikžentaitis, vyriausiasis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės santykiai su Vokiečių ordinu, Žemaitijos istorija, lietuvių ir vokiečių santykių istorija, stereotipų ir tautinių mitų istorija.
1992–2022 m. – prof. habil. dr. Vladas Žulkus, vyriausiasis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Povandeninė ir marinistinė archeologija; viduramžių miestų archeologija; vakarų baltų kultūra; baltų ir skandinavų kultūriniai ryšiai.
1993–1999, 2012–2015 m. – S. C. Rowell, Ph.D. (Cantab). Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: vėlyvųjų viduramžių Vidurio ir Rytų Europos istorija, XV a. Lietuvos bažnyčios istorija.
1993–1995, 2007–2014 m. – doc. dr. Arūnė Liucija Arbušauskaitė. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Klaipėdos krašto ir Kaliningrado srities socialiniai, demografiniai pokyčiai po Antrojo pasaulinio karo.
1995–1999 m. – dr. Rasa Banytė-Rowell. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Vakarų Lietuvos senojo geležies amžiaus archeologija.
1996–2001, 2005–2009, 2016–2018 m. – Prof. Dr. Ruth Kibelka-Leiserowitz, mokslo darbuotoja. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Kaliningrado srities istorija po 1945 m.; Rytų Prūsijos ir šio regiono žydų istorija XIX–XX a.; Klaipėdos krašto istorija XX a.
1999–2000 m. – dr. Darius Staliūnas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: etniniai konfliktai ir Rusijos imperijos tautinė politika Lietuvoje XIX a. antrojoje pusėje – XX a. pradžioje.
2003–2006 m. – doc. habil. dr. Ingė Lukšaitė, vyresnioji mokslo darbuotoja. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Lietuvos kultūros istorija, visuomenės, religiniai judėjimai, istorijos mokslo raida.
2003–2014 m. – prof. dr. Rimantas Sliužinskas, vyriausiasis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Rytų Prūsijos ir Klaipėdos krašto materialus ir nematerialus kultūros paveldas, tautinių mažumų identitetas, lietuvių etnomuzikologija, muzikos ir kultūros antropologija.
2003, 2012 m. – dr. Mindaugas Brazauskas, jaunesnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: miestų archeologija, dendrochronologija.
2003–2005 m. – dr. Klaidas Perminas, jaunesnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: povandeninė archeologija, laivybos istorija.
2003–2013 m. – dr. Romas Jarockis, mokslo darbuotojas, nuo 2007 m. vyresnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: gyvenviečių archeologija, urbanizacijos procesų teorija, apgyvendinimo raida vėlyvajame geležies amžiuje ir viduramžiais.
2004–2010 m. – dr. Marius Ščavinskas (vėl dirba BRIAI nuo 2013 m.), jaunesnysis mokslo darbuotojas, nuo 2009 m. mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: baltų genčių ir Lietuvos valstybės christianizacija ir europeizacija X–XV a., kryžiaus karai Baltijos jūros rytinėje pakrantėje.
2005 m. – habil. dr. Vytautas Kazakevičius (†), vyriausiasis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: baltų genčių materialinė kultūra, baltų ginkluotė.
2005–2017, 2018–2021 m. – prof. habil. dr. Algirdas Girininkas, vyriausiasis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: akmens ir bronzos amžiai, priešistorės ūkis ir visuomenės struktūra, zooarcheologija, indoeuropiečių problematika.
2006–2009 m. – mgr. Jurgita Žukauskaitė (Alvarez Romero), jaunesnioji mokslo darbuotoja. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: vėlyvojo neolito bendruomenės Rytų Baltijos regione.
2006–2010 m. – dr. Džiugas Brazaitis, vyresnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: akmens ir bronzos amžių gyvenvietės, neolitizacijos procesas Lietuvoje.
2009, 2010–2011 m. – mgr. Ieva Masiulienė (vėl dirba BRIAI nuo 2012 m.), jaunesnioji mokslo darbuotoja. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: gyvenviečių ir miesto archeologija.
2011–2021 m. – mgr. Darius Barasa, jaunesnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: konfesionalizacijos procesai Prūsijos Hercogystėje nuo XVI iki XVIII amžiaus; Rytų Prūsijos ir Prūsijos Lietuvos istorija XVI–XX a.
2012–2022 m. – doc. dr. Arūnas Baublys, vyresnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Evangelikų bažnyčių istorija XIX–XX a., evangeliškoji teologija, Klaipėdos krašto kultūros paveldas.
2012–2013, 2019–2021 m. – dr. Indrė Žigeu (Šimkutė), jaunesnioji mokslo darbuotoja, mokslo darbuotoja. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: stiklininių artefaktų tyrimai, viduramžių ir naujųjų laikų archeologija, miestų ir miestelių archeologija, stalo kultūros tyrimai (archeologijos duomenimis), povandeninė archeologija.
2012–2015 m. – mgr. Dainius Elertas, jaunesnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Prūsijos šiaurinės dalies visuomenė ir žemėvalda XV–XVI a.; Klaipėdos miesto ir apylinkių istorija XIII–XX a.; Vakarų Lietuvos kultūros paveldas ir jūrinis kultūros paveldas.
2012–2015 m. – mgr. Egidijus Miltakis, jaunesnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Religijotyra, baltų kultūros ir religijos istorija, istoriografija, istorijos edukacija.
2012–2015 m. (vėl dirba nuo 2019 m.) – dr. Jolanta Skurdauskienė, mokslo darbuotoja. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Žemaitijos dvarų istorija ir kultūra.
2012–2015 m. (su pertraukomis; vėl dirba nuo 2018 m.) – mgr. Edvinas Ubis, jaunesnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: LDK ir Prūsijos pasienio miestų urbanizacijos procesai viduramžiais ir naujaisiais laikais; viduramžių ir naujųjų laikų pilių (tvirtovių) artefaktai; istorinių ir archeologinių šaltinių problematika urbanizacijos tyrimų kontekste.
2012–2017, 2018–2021 m. – dr. Miglė Stančikaitė, vyriausioji mokslo darbuotoja. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Kvartero tarpledynmečių augalijos istorija; vėlyvojo ledynmečio ir holoceno chronologija; augalijos raidos ypatumai poledynmetyje; klimato sąlygų kaita per pastaruosius 13–14 tūkst. metų.
2013 m. – dr. Roman Shiroukhov, mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: vakarų baltų vėlyvojo geležies amžiaus archeologijos ir istorijos klausimai; X–XIII a. baltų ir Vakarų bei Rytų Europos kontaktų problemos; vakarų baltai Vokiečių ordino valstybės formavimosi procese; baltų etnogenezė, etnografija ir folkloras.
2013–2015 m. – doc. dr. Jonas Vaičenonis, vyriausiasis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: Lietuvos Respublikos kariuomenė, uniformologija, kariuomenės viešasis gyvenimas, diplomatija, Kaunas 1918–1940 m. laikotarpiu, Lietuvos šaulių sąjungos istorija.
2014–2015 m. – dr. Tomas Kiauka, vyresnysis mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: teologijos reikšmė sekuliarizuotoje visuomenėje, filosofinė antropologija, meno filosofija.
2018–2019 m. – dr. Gvidas Slah, mokslo darbuotojas. Pagrindinės tyrinėjimų kryptys: akmens amžius; trasologija; eksperimentinė archeologija bei rekonstrukcija; gamybos technologijos iki XV a.